OpenBioLink
Förderjahr 2020 / Project Call #15 / ProjectID: 5171
Wir — Assoc.Prof. Dr. Matthias Samwald, Simon Ott, MSc — sind Teil einer Gruppe von ForscherInnen und Studierenden, die sich mit der Beschleunigung der Entwicklung neuer Therapien durch Web- und Artifical Intelligence (AI)-Technologien beschäftigt.
Einerseits hilft unser Projekt biomedizinischen ForscherInnen, mittels AI und Webtechnologie schneller Zusammenhänge im Netzwerk biomedizischer Forschungsergebnisse zu finden, und dadurch vielversprechende Hypothesen zu formulieren und zu testen (z.B. 'Medikament X hilft bei Krankheit Y').
Andererseits hilft unser Projekt AI EntwicklerInnen, ihre Modelle zu testen und zu verbessern.
Durchbrüche im Bereich der AI (Deep Learning, Vector Space Embeddings) haben zur Entwicklung einer Vielzahl neuer Algorithmen für Link Prediction geführt — der AI-gestützten Vorhersage von neuen Verbindungen in großen Netzwerken.
Dies bietet großes Potential für die biomedizinische Forschung -- denn ein wichtiges Ziel hierbei ist es, aus bestehenden Zusammenhängen (z.B. Gen-Protein-Prozess-Krankheit-Therapie) neue Zusammenänge zu schließen.
Unser Projekt macht dieses Potential nutzbar.
Wir entwickeln OpenBioLink, eine Open Source Software Suite, bestehend aus folgenden Komponenten:
- Tools, um Wissen automatisiert aus Web-Ressourcen zu extrahieren
- Einem großen, aggregierten Netzwerk biomedizinischen Wissens
- Einem Benchmark-Datenset zum Trainieren und Testen von Link Prediction Modellen
- Tools für die Web-basierte Interpretation von Vorhersagen dieser Modelle
Projektteam
Projektergebnisse
Web Graph Creation Module 2.0 Dieses Software-Modul greift auf verteilte, im Web zugängliche biomedizinische Ressourcen zu und aggregiert die gefundenen Daten. Im Zuge des webidee Projektes wird die Funktionalität des Software-Moduls erweitert, um noch reichhaltigere Daten gewinnen zu können. (Subfolder /src sowie Readme section '2021 Mapping of relations to external datasets')
OpenBioLink 2021 Benchmark Erweitertes und verbessertes Benchmark-Dataset, das mit dem im Projekt geschaffenen Web Graph Creation Module 2.0 automatisch generiert wird.
OpenBioLink Explorer Software, welche es erlaubt, über den Webbrowser die durch AI generierte Vorhersage neuer Verbindungen im Wissensnetzwerk zu explorieren, zu analysieren, zu vergleichen, und zu erklären. Nutzbar sowohl für wenig IT-affine biomed. ForscherInnen, als auch für EntwicklerInnen zum Debugging.
Durchführung "OpenBioLink 2021 Challenge"
